واکسن پنج‌گانه جایگزین اولین واکسن سه‌گانۀ کودکان شده است که شامل ترکیب واکسن‌های سه‌گانه یعنی دیفتری، سیاه‌سرفه و کزاز همراه با واکسن هپاتیت B و واکسن هیب؛ Hib، که برای پیشگیری از هموفیلوس آنفلوانزی نوع B است. دریافت این واکسن‌ها که به مجموع آنها پنتاوالان گفته می‌شود، در سه نوبت به ترتیب زیر انجام می‌شود و کودکان را در برابر پنج این بیماری ایمن می‌کند:

دو ماهگی
چهار ماهگی
شش ماهگی

به‌طورکلی واکسن پنج‌گانه برای کودکان دو تا ۵۹ ماه و کودکان با نقص ایمنی قابل تجویز است. از پنج سالگی به بعد به‌ جای واکسن پنج‌گانه، واکسن سه‌گانه مجدداً تزریق می‌شود. همانند واکسن‌های سه‌گانه، تزریق این واکسن‌ها باعث عوارض جدی نمی‌شود. تب، قرمزی، تورم، درد در محل تزریق طبیعی و ممکن است تا سه روز از زمان تزریق ادامه داشته‌ باشد. تنها در صورت واکنش حساسیتی شدید در نوبت‌های قبلی تزریق، دُز بعدی نباید تزریق شود. برای تخفیف عوارض هم، مثل واکسن‌های سه‌گانه می‌توان از استامینوفن اطفال و مشخصاً طبق دستوری که پزشک داده است استفاده کرد.

در برخی کشورها یک نوبت یادآور واکسن پنج‌گانه نیز در سن بالای یک سال تزریق می‌شود، ولی در حال حاضر تزریق دز یادآور برای کودکان بالاتر از  یک سال در ایران به تصویب نرسیده است.

واکسن پنومنوکوک یا PCV
واکسن پنومنوکوک یا PCV برای محافظت در برابر بیماری پنومنوکوکی که منشأ باکتریایی دارند و می‌تواند به مننژیت،‌ ذات‌الریه و عفونت‌های گوش منجر شود، تجویز خواهد شد. دو نوع واکسن پنوموکوک وجود دارد که به پیشگیری از این بیماری‌ها کمک می‌کند. یکی واکسن‌های کنژوگه پنوموکوک (PVC13 ،PVC15 ،PVC20) و دیگری واکسن پلی ساکارید پنوموکوک (PPSV23).

به توصیهٔ CDC، تمام کودکان کمتر از پنج سال و بزرگسالان ۶۵ سال یا بیشتر و افراد با شرایط خاص سلامت، علیه بیماری‌های پنوموکوک واکسینه شوند. در شرایط خاص، سایر کودکان و بزرگسالان نیز باید واکسن پنوموکوک را دریافت کنند. برای کودکان در سن‌های دو ماهگی، چهار ماهگی، شش ماهگی و بین ۱۲ و ۱۵ ماهگی، واکسن کونژوگه پنوموکوک (۱۳PVC) یا پر‌ونار ۱۳ (PREVENAR 13) تزریق می‌شود که از ۱۳ سویه باکتری‌های پنوموکوک که باعث عفونت شدید در کودکان می‌شود محافظت می‌کند. پس به شکل کلی زمان‌بندی تزریق این واکسن به ترتیب زیر است:

دو ماهگی
چهار ماهگی
شش ماهگی
بین ۱۲ و ۱۵ ماهگی